Der Story-Modus von Naruto x Boruto: Ultimate Ninja Storm Connections erzählt eine originale Geschichte um Boruto, die exklusiv für das Spiel kreiert wurde. Dieser Story-Arc stellt neue Charaktere der Ninja-Welt vor, die ebenfalls speziell für das Spiel entwickelt und designt wurden. Der Titel erscheint 2023 für die PS4 und PS5.

Die Handlung von Naruto x Boruto: Ultimate Ninja Storm Connections spielt während der Ereignisse von Boruto, nachdem in der Ninja-Welt Frieden eingekehrt ist und Naruto zum Hokage ernannt wurde. Boruto entdeckt ein beliebtes Online-Spiel namens „Ninja Heroes“ und trifft daraufhin Nanashi, einen Navigator aus diesem Spiel. In der Zwischenzeit passiert etwas Ungewöhnliches in der realen Welt, woraufhin der Fünfte Große Ninja-Krieg auszubrechen droht. Während die Ninja-Welt im Chaos versinkt, findet Boruto heraus, dass ein mysteriöser Mann namens Merz versucht, den Krieg anzufachen.