Digimon Story Time Stranger ist ein JRPG, in dem Spieler zahlreiche Digimon rekrutieren, um die menschliche und digitale Welt zu retten. Digimon werden durch Analysen und Scans in Kämpfen gewonnen. Nach Abschluss der Analyse kann das entsprechende Digimon erschaffen und dem eigenen Team hinzugefügt werden.

Zur Verbesserung der Digimon stehen Attachment-Fähigkeiten sowie Ausrüstungsgegenstände zur Verfügung, die Werte und Fähigkeiten gezielt steigern. Digimon verfügen über unterschiedliche Attribute und Elementarresistenzen, die ihre Leistung im Kampf beeinflussen. Die Digitation ist möglich, sobald bestimmte Voraussetzungen erfüllt sind. Eine Rückentwicklung (De-Digitation) ist ebenfalls möglich, um alternative Entwicklungswege zu verfolgen. Diese Wege richten sich nach den individuellen Werten und Persönlichkeitsmerkmalen der Digimon. Mit zunehmender Anzahl an Digimon bietet die DigiFarm eine zusätzliche Trainingsmöglichkeit. Dort entwickeln sich Digimon eigenständig weiter.

Im Kampf ist die gezielte Auswahl von Digimon unter Berücksichtigung ihrer Attribute und Elemente entscheidend für den Erfolg. Die Spieler müssen strategisch agieren, um Schadenspotenzial und Überlebensfähigkeit zu maximieren. Mit dem neuen System „Cross Arts“ können die Spieler aktiv in den Kampf eingreifen – mit offensiven, defensiven oder unterstützenden Fähigkeiten.